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是进退两难，布政使顾肇熙和台湾兵备道陈文騄已经借机逃回大陆，二、三把手的出逃更弄得岛内人心惶惶，大批官员也开始纷纷出逃。但他走不了，朝廷让他守在台湾办理交接，但这可能么？
而两江总督张之洞却给他拍了封电报，让他尽力守住台湾两、三个月，哪怕手中有一府一城之地，就能引起列强出兵干涉，最终日本人不得不放弃台湾。而且法国人也表示愿意租借台湾之地，又让他心底燃起一丝希望。
经过一番商议，陈季同向唐景崧提出拯救台湾的新计划：仿照西方惯例，宣布台湾自主，成立一个临时抗日政权，由义军和和守台清军联合作战，领导台湾军民抗日保台。这样就能够名正言顺地进行抵抗，又免得将清政府牵扯进来，同时还可以争取到列强的支持。
在台湾一些留台官员和台湾绅商的支持下，5月25日，台湾民z主国正式成立。台湾绅商林维源、林朝栋、丘逢甲等人共推唐景崧为民z国总统，以台湾巡抚署为总统府,改国号为“水清”，寓永远隶于清朝之意。
这一天，台北绅民数千人，在丘逢甲等人的带领下，在唐景崧的衙门前，举行台湾民z国总统就职典礼。唐景崧从内衙走出，先向北京行九叩大礼，然后转身南向，接受丘逢甲和台北民众的两跪六叩大礼，并接过了丘逢甲献上的国玺和总统大印。这时，炮台上升起了台湾民z国国旗，井鸣礼炮11响，在台的外**舰和船只也升旗鸣炮表示祝贺。
随后唐景崧宣布台湾民z国的内阁任命台北时期政府组织：
大总统：唐景崧，军务大臣：李秉瑞，内务大臣：俞明震，外务大臣：陈季同，义军总兵：李惟义，团练指挥使：丘逢甲，游说使：姚文栋，议长：林维源，台中镇守使：林朝栋，台南镇守使：刘永福。
台湾总统唐景崧当天向清廷电告此事，并称自己不情愿当这个总统的，是被台民强留下来的，等台湾事稍定，如果能够脱身，一定赴京请罪。
由台湾人自发组织的抵抗战争就此开始。
1895年5月10日，即烟台换约后的第二天，日本政府为以武力割占台湾，下了一道命令：“兹将海军军令部部长桦山资纪晋升为大将，任命其为台湾总督兼军务司令官，即日赴台。”
5月13日上午，日本政府从东京致电美国驻北京公使田贝并转给清政府，要求派员去台湾办理交割手续。其电文如下：“日本朝廷业已派水师提督子爵桦山资纪作为台湾、澎湖等岛巡抚，并授以钦差大臣之职，准其按照马关所立条约之第五款末节办理一切事宜。该抚约于两礼拜之内赴任。抵任时，即行办理特委事件。日本政府即希中国政府立派钦差大臣一员或数员进行交割。
给事中谢隽杭上奏，指名要李鸿章父子亲赴台湾交割。谢隽杭的奏折这样写道：“此事即系李鸿章、李经方主谋，岂有功届垂成，反自逍遥事外之理?且该大臣等即能定割地请和之策，自必具有用夷变夏之才。请旨饬派李鸿章、李经方等迅速亲赴台湾，依限交割。”军机处认为谢隽杭的奏折极有道理，反正你们父子惹下的麻烦，屁股还得你们自己擦，总不能让别人再背上“卖国”的骂名吧，反正你们父子怎么也洗不脱“卖国贼”的名声了。
5月18日朝廷将谕旨电寄李经方：“著派二品顶戴前出使大臣李经方前往台湾，与日本派出大臣商办事件。钦此。”李经方接到这个谕旨大吃一惊，心想如果此次去台湾，非但事情难办妥，而且恐怕连性命也会不保，还是装病不去为妙，便请父代奏请个病假。
李鸿章写了一个奏折，致电北京说：“李经方自马关随同回津后，因忧劳成疾，回南方就医。商交台湾事体繁重，似未便令对情形隔膜、资浅望轻之员搪塞外人，必至贻误。李经方实不胜任，请旨收回成命，另行简派。”
然而，李鸿章非但代奏无效，还吃到一番训斥。光绪帝下谕旨说道：“李鸿章身膺重任，当将此事妥筹结局，岂得置身事外?现倭使将次到台，仍著李经方迅速前往，毋得畏难退避。倘因迁延贻误，唯李经方是问!李鸿章也不能辞其咎!钦此。”
李鸿章读毕这个上谕，深知严旨不可违抗，便一面上奏朝廷，要求命科士达同往襄助;一面打电报给在上海的儿子说：“赴台交割之事万难辞退，俟各员到齐后刻日前往。”这两份电报发出后，想到如李经方如果登上台湾岛，非得给人活活打死不可，李鸿章为其子的安全计，想出一个在澎湖交割的办法。当天又给伊藤博文发了一份电报，全文如下：“台湾主权已经交给日本，日本自应派遣水陆各军以资弹压，保守平安。李经方拟即前往澎湖，与日本特派大员会晤。”
伊藤博文收到李鸿章的电报，读后知道中国大员是害怕去台湾有危险，便想出一个办法，让中国大员先来长崎，然后乘日本船一同到台湾。5月22日，伊藤的复电到天津，其中说：“如中国特派大员先来长崎，带同日本国家船只前往，以资护卫，更为稳妥。”
李鸿章认为这个办法虽能确保安全，但会招致议论，本来自己被看做倭党，如果这样做，更要被骂为卖国贼了。他想来想去，最后想出一个办法——在台湾海口会晤。23日李鸿章的办法得到朝廷的批准。
5月30日，李经方偕道员马建忠，顾问科士达，外文翻译伍光建，日文翻译卢永铭、陶大均，文官张柳、黄正，武官吕文经、高轩春等，还有警卫40名，登上德国商船“公义”号，从上海启航。6月1日凌晨“公义”号驶抵淡水海面，由日舰“千代田”号护送至基隆以东海面的三貂澳附近，在日本大员乘坐的“横滨丸”右舷抛锚。是日下午4时30分，李经方派陶大均前往“横滨丸”，告知中国特派大员到达，并商定会商时间。
6月2日上午，李经方带领日文翻译卢永铭、陶大均坐小船登上“横滨丸”。桦山资纪等人亲自在甲板上迎接，然后引其进入专门准备好的舱室内。
待双方落座，桦山资纪便开口说道：“我这次奉命来台，以为和约批准，交接十分容易，不料到淡水后派小兵轮进口，清兵开炮阻挡。因而转道基隆，又遭清兵炮击，不得已暂泊三貂澳。不得已只能采用武力，现在我国陆军1万多人已经开始登陆，数日内即可攻取基隆。”
李经方说道：“我奉命来此与阁下办理台湾交接事宜，究竟如何处置，还先听听贵方的要求。”
桦山资纪看了一眼李经方：“那等我军攻克基隆，大家再一起去台北办理交接事宜。”
李经方怎么也不肯亲自登岸，于是双方讨价半天，他在“横滨丸”上匆匆与桦山资纪办理了交割手续，当夜就乘“公义”号客船返回，宝岛台湾就这样被满清政府轻率地舍弃掉了。
5月29日，日本近卫师团避开台湾防守严密的基隆、淡水等地，并炮击金包里附近海岸，造成将要登陆的假象，突然袭击了位于基隆东北的偏僻渔村澳底。澳底附近只有清军两营人马，而且大多是唐景崧刚刚从广东招募不久的“广勇”，根本没有经过什么训练，双方刚一接触，清军立即溃散，日军在澳底顺利登陆。
随即日军即越过三貂岭，直扑基隆侧后。
经过日军海陆军数日围攻，6月3日，防卫严密的基隆要塞随即失陷，日军转而向台北北部的狮球岭进攻。
林朝栋闻听台北告急，立即率栋军五营前往增援。
6月4日，清军溃兵逃入台北，唐景崧等人逃往淡水，清军溃兵将藩库抢劫一空，随后在街头任意劫掠，并纵火烧毁藩库和总统府衙。
6日，唐景崧等人乘外轮逃往厦门，9日，丘逢甲下令解散台勇，匆忙内渡广东，刚刚成立的台湾民主国主要官员一逃而空。
台北数日内即告失守，形势急转直下。
林朝栋带兵行至新竹，即接到台北失守的消息，感到大势已去，不禁仰天长叹：“吾尽力守台，朝廷未必容我，若拼死奋勇杀敌，倭人必视我族人如仇寇，何必如此！”遂给属下支付了所带饷银，后连夜带着一营亲兵乘船返回厦门。
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