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后甚至被人类封印在树脂之中。
而在这个过程中，亚当也强行催化出了第十五颗生命之果——也就是后来的渚薰，因为这颗生命之果先天不足（没有集合一个种族，仅仅吸收了科考队那几个人），因此孵化出的个体能够保持自我。
后来，人类发现了莉莉丝的残躯，并获知了莉莉丝的计划【死海文书，个人认为死海文书是一道精神意念而非真正的文字】，企图通过人类补完让全人类逆袭莉莉丝，获得永久生命的同时，也不再有任何隔阂，具体方法是通过类似妊辰的作用，让全人类的人类意识汇于一体，以莉莉丝为母体，诞生而出，取代莉莉丝掌握生命之树和黑之月，进行宇宙旅行。
而这个计划的重点，就是人类补完计划的主导权。
因此，人类效仿第十五颗生命之果的事件，从莉莉丝体内提炼出了智慧因子（因为没有智慧树，所以只是因子，肉*体需要人工培育），并孕育出了绫波丽，同样也用生命之果和智慧之果的技术培育出了eva，而作为祭品的就是碇真嗣的母亲碇唯，碇唯的身体成为了智慧因子的载体，最终产生了无数绫波丽，而碇唯的灵魂则进入了eva，代替了本来需要牺牲一整个种族才能凝聚的种族意识（零号机直接就是莉莉丝的灵魂，二号机有明日香母亲的一部分灵魂，东治的三号机和设定本里有提到里面有东治他妈的灵魂）。
随后，所有生命之果的置换完成，并逐渐开始孵化，按照生命之树的规则，进行如同养蛊般的战斗，并寻找亚当（当然了，此时因为体内因子的关系，找的实际上是莉莉丝）。
人类按照计划，成功战胜了所有使徒，并获得了与莉莉丝融合的权利。
不过这时候，人类的劣根性便爆发了出来，魂之座（SEELE）每一个都想要成为人类补完计划的主体，于是培育搭载s2机关的量产机，袭击了NERV，不过碇原堂终究技高一筹，早在这之前就已经将亚当的胚胎植入了自己的右手（漫画里是吃下去然后出现在左手），借由亚当胚胎和自己与绫波丽的关系，理所当然会成为最后的主体，只有这样，才能够达成碇源堂内心深处的那个愿望——与碇唯重新见面。
但就如亚当被莉莉丝的到来而打扰一样，任何事情都不会严丝合缝的按照你的想法行动，初号机通过吞噬力天使，十分凑巧的拥有了亚当和莉莉丝的因子（当然还有s2机关），使得碇真嗣同样具备这个资格，于是在最后时刻，选择了碇真嗣的绫波丽，最终打断了人类补完计划，这也就是《真心为你》的剧情了。（至于新剧场版，除了画风感人和燃烧经费之外，我只当那是骗钱的再创作）
而整个故事中，最值钱的一部分，应该就是最后的人类补完了，不过巴别塔世界禁止更换血统，所以这部分对冯雪来说没啥用，反倒是莉莉丝最后那一发直接将全人类橙汁化的反AT力场很有意思，冯雪觉得如果学会了这一招，就可以在不进行杀戮的前提下，直接将整个位面的人类精神化，然后收进自己的心象世界了。